조세특례제한법 유예기간은?

조세특례제한법 유예기간은?

 

 

조세특례제한법 시행령 제2조 2항은 2012년 개정되었는데요. 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘으면 유예기간의 적용을 배제하는 내용이 추가 됐습니다. 

그런데 시행령이 개정되기 전에 이미 유예기간의 적용을 받고 있던 중소기업은 어떻게 되는 것일까요? 오늘은 이와 관련한 판례를 통해 법원의 판단을 살펴보도록 하겠습니다.

지난 2003년 설립된 플라스틱 제조업체 A사는 2010년 처음으로 매출액 1000억원을 돌파했습니다. 

매출액이 1000억원이 넘을 경우 중소기업 지정에서 제외되나, A사는 ‘중소기업이 그 매출액이 1000억원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당되지 않게 된 때 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다’는 조세특례제한법 시행령 제2조 2항에 따라 2013년까지 중소기업 유예기간 적용을 받아 세제 혜택 등을 계속 받을 수 있었습니다.

그런데 2012년 개정된 시행령에는 관계기업의 매출액 합계가 1000억원이 넘을 경우 유예기간 적용을 배제한다는 내용이 추가 됐는데요. 

당시 A사는 몇 개의 계열사를 두고 있었고, 관계 기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘어섰습니다. 이에 B세무서는 A사가 더 이상 중소기업 유예기간의 적용을 수 없다며 2억원의 조세를 부과했습니다.

 

그러자 A사는 “조세특례제한법 개정 규정이 종전 유예기간까지 실효시키는 것으로 볼 수 없다”며 소송을 제기했는데요. 

이러한 소송을 심리한1심 재판부는 “이전에 중소기업이었던 기업이 조세특례제한법 시행령 개정으로 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당되지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 관련 규정한 명백하다”고 밝혔습니다.

따라서 “A사처럼 이미 조세유예기간의 혜택을 받아온 기업에 대해 유예기간을 유지해 더 보호한다면, 이는 형평성에 어긋나는 결과가 된다”며 B세무서의 손을 들어줬습니다. 

그러나 2심에서는 1심의 판결을 뒤집었는데요. 소송은 이어져 상고심이 진행됐고 대법원 재판부의 판결을 살펴보겠습니다.

대법원 재판부는 A사가 B세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송에서 원고 승소 판결한 원심을 확정했습니다. 

이와 같은 판결은 “개정 조세특례제한법 시행령 제2조2항 본문 전단에 따르면, 유예기간이 언제부터 실효되는지에 대해 아무런 규정을 두고 있지 않다”고 지적했는데요. 그러므로 “언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지 관한 명확한 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 유예기간의 효과가 배제된다고 해석해서는 안 된다”고 밝혔습니다. 

 

이어서 “이와 같은 점 등을 고려했을 때 개정 규정을 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다”고 판시했습니다.

지금까지 판례를 정리하면, 매출액이 1000억원 미만의 중소기업이 3년 동안 조세유예기간을 주는 조세특례 혜택 대상이 됐다면 이후 시행령이 바뀌더라도 유예기간을 보장해야 한다는 대법원의 판결을 살펴 볼 수 있었습니다.

 

이처럼 기업을 운영하시면서 부당한 조세 부과로 인해 분쟁이 발생하셨거나, 조세 납부와 관련하여 법률 상담이 필요하시다면 조세와 관련한 법률에 능한 지영준변호사에게 자문을 구하시고 함께 분쟁을 해결하시기 바랍니다.